Министерството е структурирано в главна дирекция и 20 дирекции
Подобряване цялостната организация на работа и оптимизиране на структурата на отделните звена в Министерството на земеделието и горите е целта на одобрен от правителството нов устройствен правилник на ведомството. Министерството е структурирано в главна дирекция и 20 дирекции, съобщиха от правителствената информационна служба.
На пряко подчинение на министъра са инспекторатът, финансовите контрольори, дирекциите "Вътрешен одит", "Сигурност на информацията и отбранително-мобилизационна подготовка" и звеното "Наблюдение и координация на дейността на Разплащателната агенция". В общата администрация са дирекциите "Информация, връзки с обществеността и протокол", "Човешки ресурси", "Канцелария и архив", "Правни дейности", "Финансово-стопански дейности", "Обществени поръчки и концесии" и "Информационна и комуникационна осигуреност". Специализираната администрация е организирана в 11 дирекции и една главна дирекция – "Земеделие и гори", която има 28 териториални звена. Дирекциите са "Поземлени отношения", "Търговски дружества с държавно участие", "Инвестиционна политика", "Европейска интеграция и международни отношения", "Европейски и международни програми и проекти", "Развитие на селските райони", "Аграрно развитие", "Безопасност и контрол на храни и фуражи", "Агростатистика", "Маркетинг и регулаторни режими", "Наука и образование".
С цялостното преструктуриране се цели укрепване на административния капацитет на министерството в процеса на присъединяването на България към Европейския съюз. Общата численост на организационните структури и административните звена към Министерството на земеделието и горите се намалява с 632 щатни бройки, като това се постига чрез намаляване на числеността на второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра на земеделието и горите, след направен задълбочен анализ на нуждите им и обема на възложените функции.
