Националните доплащания към директните плащания се оказаха основна форма на подпомагане на земеделските производители
В първите години след присъединяването на България към ЕС българските земеделски производители получават само част от подпомагането, което получават производителите в старите държави-членки, като през 2009г. ще получат 35%. През подобен преходен период преминават всички новоприсъединили се държави-членки. За да компенсира по-ниския размер на подпомагането, България може да допълни от националния бюджет директните си плащания до определен процент от размера на директните плащания в Общността към 30 април 2004 г. Този процент за 2009 г. е 65%.
Националните доплащания към директните плащания се оказаха основна форма на подпомагане на земеделските производители при тежките климатични и икономически условия, в които работят. Затова техният размер и вид са обект на особено внимание, особено от страна на зърнопроизводителите и млекопроизводителите, които са основните групи бенефициенти на национални доплащания.
Съгласно чл.44, ал.1 от Закона за подпомагане на земеделските производители вида и размера на националните доплащания се определя ежегодно с Решение на Министерския съвет, по предложение на министъра на земеделието и храните, направено след съгласуване с Европейската комисия. Беше взето решение за прилагане на следните четири схеми за национални доплащания за 2009 г.:
1. на хектар земеделска земя с изключение на площите, заети с винени сортове лозя, ягоди и малини за преработка, тютюн и постоянни пасища;
2. за говеда според броя на говедата в стопанството, определен въз основа на данните в Системата за идентификация на животните и регистрация на животновъдните обекти, поддържана от Националната ветеринарномедицинска служба. Референтната дата за определяне броя на говедата в стопанствата е 28 февруари 2009 г. Избираеми за подпомагане през 2009 г. са стопанства, които към референтната дата са отглеждали 5 или повече говеда;
3. за овце-майки и кози-майки (необвързана с производството) според броя на овцете-майки и/или козите–майки в стопанството, определен въз основа на данните в Системата за идентификация на животните и регистрация на животновъдните обекти, поддържана от Националната ветеринарномедицинска служба. Референтната дата за определяне броя на овцете–майки в стопанствата по тази схема е 01 октомври 2008 г., а за козите–майки 28 февруари 2009 г. Избираеми за подпомагане са стопанства, които към референтната дата са отглеждали повече от 20 овце-майки и/или повече от 20 кози–майки;
4. за овце-майки и кози-майки (обвързана с производството) според броя на овцете-майки и/или козите–майки, отглеждани в стопанството. Избираеми за подпомагане са стопанства, които към датата на представяне на заявлението за подпомагане отглеждат повече от 20 овце-майки и/или повече 20 кози–майки.
Въз основа на взетото решение беше изготвено искане до Европейската комисия за одобрение на избраните схеми и размера на националните доплащания по тях. С Решение от 13.08.2009 г. за разрешаване на предоставянето на допълнителни национални директни плащания в България за 2009 г. Европейската комисия разреши на България да предостави допълнителни национални директни плащания за 2009 г., в съответствие с условията, посочени в нейното искане. В изпълнение на разпоредбата на Закона за подпомагане на земеделските производители Министерският съвет прие Решение за схеми за национални доплащания на хектар земеделска земя, за говеда, за овце-майки и кози-майки и техния размер за 2009 г. в съответствие с решението на Европейската комисия.